Se crea en Chiapas a partir de sobrevivientes de las Fuerzas de Liberación Nacional FLN, una organización guerrillera inspirada en la Revolución Cubana que fue fundada el 6 de agosto de 1969 en Monterrey Nuevo León, que llegó a tener operaciones en Veracruz, Puebla, Tabasco y Chiapas, y que fue prácticamente exterminada por el ejército federal en febrero de 1974.
A la nueva organización se integran luchadores agraristas y dirigentes del movimiento indígena de la Selva Lacandona. Así, el EZLN nace como un ejército popular vinculado a las comunidades indígenas, que sufren tanto el acoso de las guardias blancas de los finqueros, como la agresión sistemática de militares y policías. Su dirección, el Comité Clandestino Revolucionario Indígena CCRI, está integrada por dirigentes políticos de los pueblos. Los comandantes son los que mandan en común, los que “mandan obedeciendo a los pueblos”. De ahí que Marcos, quien llegará a ser el más conocido miembro del EZLN, tenga el grado de “Subcomandante”.
El EZLN organizará “bases de apoyo zapatistas”, es decir comunidades y grupos indígenas civiles que acepten su proyecto revolucionario insurgente. Escribe Marco Estrada Saavedra (El levantamiento zapatista de 1994): “Hay que destacar cinco formas de cooperación de los campesinos indígenas zapatistas con el EZLN: 1) Salvaguardar la clandestinidad de los insurgentes. 2) Reclutar nuevos combatientes. 3) Garantizar bastimentos para sostener a los guerrilleros. 4) Participar en movilizaciones de protesta. 5) Realizar trabajos colectivos de infraestructura y servicios (inter) comunitarios”. Estas funciones… estrechan los lazos de solidaridad (inter)comunitarios, incrementan la integración social y afianzan una «identidad zapatista».
En 1993, ante las reformas salinistas al Artículo 27 Constitucional, que eliminan el ejido y la entrada en vigor del Tratado de Libre Comercio con Estados Unidos y Canadá, que entrega los recursos naturales al capital extranjero, los pueblos que sirven de apoyo al EZLN decidirán hacer la guerra porque avizoran un futuro de mayor represión gubernamental y de exterminio de las comunidades indígenas.
Durante este mismo año, existirán algunos enfrentamientos accidentales entre los rebeldes y los soldados federales en los Altos chiapanecos, de los que dará cuenta en su oportunidad la revista PROCESO, pero el gobierno no dará la debida importancia a estos hechos, lo cual permitirá el ataque sorpresivo que el EZLN llevará a cabo la noche del 31 de diciembre de 1993 y la madrugada del 1º de enero de 1994.
